На проектном семинаре по концепции развития научного центра эксперты предложили систему утилизации мусора в интересах экологии и энергетики.
Проектная группа «Экология» видит будущий Академгородок как пилотный для всей России (как минимум, Сибирского макрорегиона) центр по рациональному обращению с отходами — в том числе и за счет профильного научно-технологического проекта в рамках Академгородка 2.0 на базе Института теплофизики им. С.С. Кутателадзе СО РАН. Этот проект предусматривает интеллектуальную роботизированную сортировку отходов и сжигание их невозобновляемой части в плазмотроне с получением топливного газа. Помимо этого ФИЦ «Институт катализа им. Г.К. Борескова СО РАН» предлагает утилизировать иловые остатки сточных вод в кипящем слое, ФИЦ «Институт цитологии и генетики СО РАН» — обезвреживать органические отходы биотехнологическими приемами с частичным преобразованием в биотопливо и кормовые добавки.
С учетом этих и других технологий жизненный цикл Академгородка 2.0 мог бы строиться по схеме «ноль отходов», то есть с нулевым процентом их захоронения на полигонах. Для этого управление отходами должно быть сосредоточено в одном центре, который, помимо новосибирских технологических заделов и разработок использует опыт развитых стран (Япония, Германия, страны Скандинавии) и некоторых городок России (Москва, Нижний Новгород, Челябинск, Иркутск). В ногу с модернизацией системы обращения с отходами должно идти и экологическое просвещение.